Hanshagen wird 1248 erstmals in einer Urkunde des Herzogs Wartitslaw III als Johanneshagen erwähnt.
Die "hagen"-Dörfer sind durch Waldrodungen deutscher Siedler entstanden.
Der Name wird auf den Grafen Johannes von Gützkow zurückgeführt.
Im 15. Jahrhundert wird dann die Kurzform Hanshagen verwendet.
1248 gehörten dem Kloster Hilda (Eldena) zwei Hufen, der übrige Teil des Ortes dem Grafen von Gützkow.
1354 ging der größte Teil des Dorfes in den Besitz der Greifswalder Ratsherrenfamilie und 1522 der ganze Ort in das Eigentum des Klosters Krummin auf Usedom über.
1524 wurde die Genehmigung zum Bau einer Wassermühle erteilt.
1634 ging der Ort Hanshagen durch Schenkung des letzten Pommernherzogs an die Universität.
1648-1815 war Vorpommern schwedische Provinz.
1697 erfolgt eine genaue Vermessung des Landes durch Schweden zu Steuerzwecken.
Ab 1855 konnten die Büdner Ackerparzellen von je 1 Morgen von der Universität pachten.
Von 1925-1928 gestattete die Universität wieder den Hausbau in Hanshagen. Mit der Bodenreform ging der Universität das Eigentum in Hanshagen verloren.
1953 erfolgte die Gründung der LPG. 1960 waren alle Bauern Mitglieder der LPG.
Ab 1972 gab es in Hanshagen keine landwirtschaftliche Produktion größeren Ausmaßes mehr.
Von 1973-1975 wurden die Häuser in Hanshagen schrittweise an eine zentrale Wasserversorgung angeschlossen und eine zentrale Kläranlage gibt es seit 1993.
Von 1971 bis ca. 1980 wurden in Hanshagen 3 Wohnblöcke gebaut, gehören heute der Gemeinnützigen Wohnungsbaugesellschaft mbH.
Im Herbst 1992 begannen die Erschließungsarbeiten für die Eigenheimsiedlung. Es entstanden schmucke Häuschen. Hanshagen wurde zum bevorzugten Wohnstandort im Greifswalder Umland
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